第一次運用冷凍干燥機時，有必要對儀器各部件進行徹底的清潔，不銹鋼的部件運用乙醇進行清洗，有機玻璃運用生理鹽水進行清洗。安瓿瓶用超聲波清洗機進行清洗。
　　冷凍干燥之前有必要要進行預凍，欲動需求預備低溫冰箱，零下40攝氏度，或者是零下80攝氏度的低溫冰箱，把預備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，一般需求四個小時左右，能夠直接從外面進行觀察到，物品徹底冰凍健壯后，才可進行冷凍干燥的試驗，把物品迅速移動到冷凍干燥機托盤之內，以確保冷凍干燥效果。
　　主機與真空泵之間由綠色的真空管銜接，銜接處運用國際標準卡箍。這種卡箍為了有用避免空氣的走漏，在卡箍內特被規劃了一只密封橡膠圈。在避免漏氣的方法上.涂改適量真空脂在橡膠圈上，再用卡箍卡緊，能使銜接處更嚴密的貼合在一起。如果沒有卡緊卡箍，就會造成空氣走漏，導致在抽取真空的時候儀表盤顯示數顯值大于20pa，此刻就應該查看真空泵以及冷凍干燥機玻璃罩的氣密性。
　　冷凍干燥機主機的右側板上設有兩個電源插座，一個將真空泵的電源線銜接上主機，再將第二個冷凍干燥機上的總電源插上電源。
　　真空泵運轉前有必要查看是否參加真空泵油，不然不能正常運行。油面不得低于油鏡的中線，真空泵剛開始時運用時有比較強烈的顫動，漸漸的會變的平穩。
　　如果氣密性不好，應該在冷阱上方的密封橡膠圈涂改一些真空脂，將有機玻璃罩輕旋在橡膠圈上，在打開真空泵測試其氣密性。以確保氣封閉的完好。